Le microbiote se caractérise par 3 types de flores :
- La flore endogène résidente dominante composée a plus de 90 % de bactéries anaérobies strictes dont les bifidobactéries.
- La flore endogène sous-dominante à laquelle appartiennent les lactobacilles.
- La flore de passage, qui ne s’implante pas, composée de bactéries potentiellement pathogènes (Proteus, Pseudomonas, Klebsellia…). Sa densité augmente d’amont en aval, pour être maximale dans le colon transverse et descendant.
On distingue :
- Bactéries symbiotiques : vivant en symbiose avec l’organisme, elles exercent des effets bénéfiques sur la santé de l’hôte : aide à la digestion, soutien de l’immunité, notamment en régulant les phénomènes inflammatoires.
- Bactéries commensales, n’exerçant aucun effet sur l’hôte : elles vivent à nos dépens (se nourrissent de nos déchets issus de la digestion) sans nous causer de dommages.
- Bactéries opportunistes normalement présentes dans l’organisme sans causer de dommages mais pouvant, selon l’environnement, proliférer et devenir pathogènes.
Lorsqu’un déséquilibre, appelé dysbiose, survient au sein de cette communauté microbienne, il peut être précurseur de lésions des muqueuses et avoir ainsi un rôle clé dans l’apparition de différentes pathologies (syndrome de l’intestin irritable, maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, hypersensibilités alimentaires…).
