Le microbiote est constitué de plus de mille espèces bactériennes connues. On observe que 3 grands groupes bactériens sont présents chez tous les individus et représentent à eux trois près de 90 % de la flore :
- les Firmicutes (dont les Lactobacilles), fortement représentés,
- les Bactéroidetes, à l'activité métabolique importante,
- les Actinobactéries (dont les bifidobactéries).
Bien que ces 3 groupes représentent la grande majorité de l'écosystème, leur ratio évolue au cours de la vie.
Un microbiote moins riche avec l’âge
Ainsi, en vieillissant, la composition semble devenir moins diverse : les bifidobactéries représentent environ 80 % des bactéries dominantes du microbiote intestinal durant l’enfance, jusqu’à 25 % chez l’adulte, et seulement 5 % chez le sénior. Toutefois une hygiène alimentaire adaptée permet de rétablir l’équilibre du microbiote.
Leur nombre diminue au profit d’autres genres bactériens tels que les Bacteroïdes.
Certaines pathologies telles que l’obésité et les maladies inflammatoires de l’intestin, ou la prise de médicaments (antibiothérapie) auront aussi un impact sur la composition du microbiote.
Il faut souligner la grande stabilité des populations bactériennes dominantes chez l’adulte en bonne santé.